Le Projet FAIR Phytolithes

The Turing Way project illustration by Scriberia. Used under a CC-BY 4.0 licence. DOI: 10.5281/zenodo.3332807.

Table des matières

Quel projet, et pourquoi est-il important?

Rendre les données phytolithes plus FAIR

Les phytolithes sont des microfossiles végétaux largement utilisés pour répondre à de nombreuses questions en archéologie, paléoécologie et paléontologie. Différentes procédures de laboratoire, d’analyses et de critères d’identification sont utilisés selon les traditions de recherches Des étapes importantes, comme la normalisation de la nomenclature des phytolithes par la International Phytolith Society (IPS), ont stimulé la standardisation dans l’analyse des phytolithes et la publication des données, mais cela reste loin d’être achevé. Une récente évaluation des pratiques de partage des données sur les phytolithes (Karoune 2020) a démontré que seulement la moitié des auteurs partagent leurs données, et que la majorité ne fournit pas de données réutilisables.

FAIR phytoliths est un projet initié par Emma Karoune pour interpeller la communauté de chercheurs sur les phytolithes sur les problèmes engendrés par le manque de partage des données. Cette initiative est soutenue par la IPS, et représente les premières étapes vers une “FAIRification” des données sur les phytolithes: évaluer le degré de partage de données dans la communauté; créer une plateforme de dépôt GitHub à usage collaboratif et lancer le projet FAIRification; développer un site internet pour informer la communauté de recherche des avancées du projet.

Que voulons-nous faire?

Ce projet vise à: Promouvoir l’utilisation de GitHub comme espace collaboratif. Évaluer les pratiques de partage de données sur les phytolithes en s’appuyant sur deux régions d’étude: l’Europe et l’Amérique du Sud. Recueillir des informations sur le partage des données, les attentes, et les prédispositions de la communauté scientifique via un questionnaire Créer un site Internet pour la promotion du projet et pour sensibiliser plus de contributeurs. Créer un protocole pour la publication et le partage des données (brutes) sur les phytolithes.

Ce projet est organisé en trois modules de travail:

1. Une évaluation FAIR des données existantes

Les jeux de données existants sur les phytolithes en Amérique du Sud et en Europe seront évalués pour établir l’étendue des données (y compris les études archéologiques, paléoécologiques et botaniques). Il s’agira premièrement d’articles publiés entre 2016 et 2020, mais des données antérieures seront collectées si nécessaire pour atteindre la saturation des données (Saunders et al. 2017). Ces deux régions ont été sélectionnées car différentes “traditions” existent parmi les chercheurs travaillant en Europe et en Amérique du Sud sur les phytolithes. La plupart des études européennes sur les phytolithes utilisent la nomenclature standardisée (ICPN 1.0), tandis que les chercheurs sud-américains ont développé leurs propres critères de nomenclature. Malgré cela, le principe général des méthodes utilisées pour traiter les échantillons de phytolithes reste le même (la séparation des phytolithes des autres particules dans des sédiments, ou directement dans les plantes), ainsi que les questions de recherche abordées et la manière d’analyser les données, permettant ainsi de comparer les jeux de données entre eux. L’évaluation FAIR sera réalisée en établissant un outil d’évaluation FAIR spécifique au sujet, similaire à la liste de contrôle FAIR enough ?, en utilisant un formulaire Google pour standardiser la collecte des données.

2. La création d’une communauté

Un questionnaire sera envoyé à notre communauté de chercheurs afin de mieux comprendre comment les chercheurs perçoivent leurs propres pratiques de partage des données. Cette enquête permettra de recueillir des informations sur les pratiques actuelles de partage des données et de comprendre pourquoi des pratiques plus ouvertes ne sont pas utilisées. Cette enquête donnera la possibilité aux auteurs de rendre leurs jeux de données libres d’accès. Cela nous donne également l’opportunité de travailler avec les chercheurs pour améliorer ces jeux de données en termes de FAIRness. L’approche pourrait être la même que “Bring your own data workshop” de l’université de Cambridge, qui visait à améliorer la gestion des données via la formation. Ces jeux de données améliorés seront ensuite utilisés comme des études de cas pour sensibiliser à la nécessité de planifier la gestion des données et fournir des ressources pour plus de formation dans notre communauté. Former notre communauté à des outils de science ouverte, tel que GitHub, contribuera à faciliter l’accès aux outils de science ouverte, mais aussi à faire progresser la mise en œuvre des futurs critères de données FAIR.

3. Développer des règles pour les jeux de données existants et les futurs données FAIR sur les phytolithes

L’évaluation FAIR des pratiques et jeux de données existants sera utilisée pour proposer des critères pour les exigences minimales d’information pour le partage des données et les domaines potentiels de réutilisation qui prennent en compte les limites de l’utilisation de ces données. Ces contraintes seront utilisées pour suggérer des critères de bonnes pratiques pour la mise en œuvre des futures données FAIR sur les phytolithes.