El proyecto de fitolitos FAIR

De qué se trata el proyecto

Aumentar la condición FAIR de los datos de fitolitos

Los fitolitos son microfósiles de plantas utilizados en todo el mundo para abordar una variedad de preguntas en una variedad de campos como la arqueología, la paleoecología y la paleontología. Se utilizan diversos procedimientos de laboratorio, análisis y criterios de identificación resultantes de diferentes tradiciones de investigación. Se han impulsado algunos pasos, como la normalización de la nomenclatura a través de la Sociedad Internacional de Fitolitos (IPS) para estandarizar el análisis de fitolitos y la posterior publicación de datos. Sin embargo, la estandarización de la investigación de fitolitos y la publicación de datos aún está lejos de lograrse. Una evaluación reciente de las prácticas de intercambio de datos dentro de la comunidad de fitolitos (Karoune 2022) encontró que solo alrededor de la mitad de las publicaciones comparten alguna forma de datos y que la mayoría no proporciona datos reutilizables.

FAIR Phytoliths ha crecido a partir de los esfuerzos iniciales de Emma Karoune para generar conciencia sobre los problemas relacionados con las malas prácticas de intercambio de datos. Esta iniciativa cuenta con el apoyo de la Sociedad Internacional de Fitolitos sobre el intercambio de datos y representa los primeros pasos hacia la FAIRificación de los datos de fitolitos: una evaluación de las prácticas de intercambio en la investigación de fitolitos; la creación de un repositorio GitHub para uso colaborativo de este grupo de trabajo y el inicio del proyecto de FAIRificación; y el desarrollo de una página web para proporcionar información a la comunidad a medida que avanza el proyecto.

¿Qué queremos hacer?

Los resultados esperados de este proyecto son:

1. Promover el uso de GitHub como espacio de trabajo colaborativo.
2. Llevar a cabo una evaluación FAIR de los datos de intercambio de fitolitos utilizando dos estudios regionales: Europa y América del Sur.
3. Recopilar información sobre prácticas, expectativas y predisposición de intercambio de datos dentro de la comunidad de fitolitos a través de una encuesta.
4. Crear un protocolo/guía para la publicación y el intercambio de datos (sin procesar) de fitolitos.

El proyecto está organizado en tres paquetes de trabajo:

1. Evaluación FAIR de los datos existentes.

Se evaluarán los conjuntos de datos de fitolitos publicados de América del Sur y Europa para establecer la amplitud de los datos de fitolitos (incluidos estudios arqueológicos, paleoecológicos y botánicos modernos). Inicialmente, será de artículos publicados entre 2016 y 2020, pero se recopilarán datos anteriores si es necesario para alcanzar la saturación de datos (Saunders et al. 2017). Estas dos regiones han sido seleccionadas porque existen diferentes “tradiciones” de fitolitos entre los investigadores que trabajan en Europa y América del Sur. La mayoría de los estudios de fitolitos europeos utilizan la nomenclatura estandarizada (ICPN 1.0), mientras que los investigadores sudamericanos han desarrollado sus propios criterios de denominación. A pesar de esto, el principio general de los métodos utilizados para procesar muestras de fitolitos es el mismo (la separación de fitolitos de otras partículas en sedimentos o plantas modernas), así como las preguntas de investigación abordadas y los tipos de análisis de datos que se llevan a cabo en datos originales de fitolitos, asegurando así la comparabilidad de los conjuntos de datos. La evaluación FAIR se llevará a cabo mediante el establecimiento de una herramienta de evaluación FAIR específica, similar a la lista de verificación ¿suficientemente FAIR?, utilizando Formularios de Google para estandarizar la recolección de datos.

2. Construcción comunitaria.

Se enviará una encuesta a nuestra comunidad de investigación para obtener información sobre cómo los investigadores ven su propia práctica de intercambio de datos. Esto recopilará información sobre las prácticas actuales de intercambio de datos y opiniones sobre por qué no se utilizan prácticas más abiertas. Esta encuesta dará la opción a los autores de datos ya publicados de hacer que sus datos sean de acceso abierto. Esto también nos da la oportunidad de trabajar con investigadores para mejorar estos conjuntos de datos en términos de aumentar su condición FAIR. Esto podría adoptar el mismo enfoque que el “Bring your own data workshop” de la Universidad de Cambridge, que tenía como objetivo mejorar la gestión de datos a través de cursos/entrenamiento. Estos conjuntos de datos mejorados luego se utilizarán como estudios de caso para crear conciencia sobre la necesidad de planificar la gestión de datos y proporcionar recursos para mayor capacitación en nuestra comunidad. Capacitar a nuestra comunidad en habilidades de ciencia abierta, como GitHub, ayudará a mejorar la accesibilidad a las herramientas de ciencia abierta en general, pero también ayudará a avanzar en la implementación de futuros criterios de datos FAIR.

3. Desarrollo de pautas para conjuntos de datos existentes y futuros datos de fitolitos FAIR.

La evaluación FAIR de las prácticas y conjuntos de datos existentes se utilizará para proponer criterios para los requisitos mínimos de información para el intercambio de datos y áreas potenciales de reutilización que consideren las limitaciones del uso de estos datos. Estas restricciones se utilizarán para sugerir criterios de mejores prácticas para la implementación de futuros datos de fitolitos FAIR.

Saber más

Visite nuestro sitio web o repositorio de Github para obtener más información.

Parte del proyecto

• Principios FAIR

  Descubre cuáles son los principios FAIR y por qué son importantes para la investigación de fitolitos.

Conoce a los miembros del equipo

Emma Karoune,

Carla Lancelotti,

Celine Kerfant,

Javier Ruiz-Pérez,

Juan José García-Granero,

Fondos

Este proyecto ha recibido financiación del programa de investigación e innovación Horizonte 2020 de la Unión Europea en virtud del acuerdo de subvención n.º 824087.